首先從柯南表小的那一刻開始，柯南的所有時間線就都混亂了，所以柯南變小的這一刻開始就設定為柯南元年。

柯南元年，19年前宮野艾蓮娜與丈夫一起加入黑衣組織隸屬的實驗室開發A藥。

柯南元年的17年前，羽田浩司案發生。

同年，赤井務武失蹤。

同年柯南等一眾主角出生。

柯南元年10年前，赤井一家人在海灘上遇到了工藤新一。

柯南元年7年前22歲的萩原研二殉職，這裡增山遠改變了劇情，直接抓住了炸彈犯救下了研二，研二沒死松田也就不會在柯南元年的3年前去到搜查一課，也就不會死了。

柯南元年5年前，赤井秀一為了秘密調查黑衣組織化名“諸星大”，佯裝被組織成員宮野明美駕駛的汽車撞傷，與明美相識後與之交往，利用這層人際關係認識了她的妹妹——組織中擁有頂尖頭腦的科學家宮野志保，成功打入組織內部。

柯南元年4年前，諸伏景光和世良真純在車站站臺相遇，同年在組織殉職。

柯南元年2年前，FBI開展秘密逮捕琴酒行動，因為安德雷·卡邁爾的失誤，導致行動失敗，赤井的臥底身隨之暴露，逃出組織回到美國。

柯南變小以後的時間線就沒這麼清楚了，只能從漫畫裡黑衣組織出現的情節來判定，這裡就不考慮動畫的魔改了。

變小以後，柯南第一次和黑衣組織接觸是在列車上，這次柯南得知了琴酒和伏特加的代號，然後是遇到了龍舌蘭，然後是十億日元劫案，然後是宮野志保變成灰原哀，然後是皮斯科的劇情，然後就進入了滿月篇（貝爾摩德變成新出醫生以後都算滿月篇）後續就不說了，大家應該都知道了。

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