關於大辯論的奏疏是十一月二十日呈上去的，但深宮中的萬曆皇帝久久未批覆，就在大臣們以為那些奏疏又要留中時，臘月十六，詔旨下，萬曆皇帝下令將南京教案中的王豐肅、謝務祿這兩位傳教士押往澳門，不許再入大明傳教，教徒中聚眾鬧事的首犯鐘鳴禮、張寀二人充軍發落，封鎖正陽門教堂，其餘教士和教眾則不予追究；大統歷屢出舛誤，禮部與欽天監要儘快著手修歷，暫不引用西洋曆法；翰林院可以開設譯書局，翻譯西洋歷算、地理、醫藥、農田、水利書籍，以廣眼界，以正缺失——

皇帝還有專門的諭旨給方從哲、吳道南這兩位閣臣，說閣臣點檢題奏、票擬批答、平允庶政，乃是為皇帝代勞分憂，必得和睦共濟，以國事為重，以後上呈的奏章必須經由首輔簽署，其餘閣臣有異議可附擬於後。

萬曆皇帝當然不允許方從哲辭職，但吳道南也是他看重的，內閣現在就只有這兩個大臣，若趕走了吳道南，吏部少不了又要會推閣臣，爭得不可開交是肯定的，這與萬曆皇帝“無為而治”相悖，萬曆皇帝只想維持現狀。

對於方從哲而言，皇帝重申首輔的職權存了他顏面，但吳道南也沒有因此被奪權，依舊能對首輔的票擬持異議，明代內閣與前朝的宰相制度差別很大，內閣沒有決策權和行政執行權，只是一個議政機構。而且萬曆當政後內閣權力更見萎縮，前首輔葉向首就曾說“設立閣臣，不過文學侍從，其重亦止於票擬，委任權力與前代之宰相絕不相同，以無權之官而欲作有權之事，以有權之事而必責於無權之官。此從來閣臣之所以無完名也。”所以說在內閣權力衰落之際，首輔與次輔的職權差別不大，一切事務還都要皇帝來定奪——

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