發展傳統醫學，方南沒有忘記《本草綱目》這本神作。

《本草綱目》一共五十二卷，是李時珍從嘉靖三十一年(1552)開始撰寫至萬曆六年(1578)結束，稿凡三易。

此書採用“目隨綱舉”編寫體例，故以“綱目”名書，以《證類本草》為藍本加以變革。

書中序例相當於總論，述本草要籍與藥性理論；卷1“歷代諸家本草”，介紹明以前主要本草41種；次輯錄明代以前有關藥物氣味陰陽、五味宜忌、標本陰陽、升降浮沉、補瀉、引經報使、各種用藥禁忌等論述，其中又以金元諸家之論居多。

卷3～4為“百病主治藥”，沿用《證類本草》“諸病通用藥”舊例，以病原為綱羅列主治藥名及主要功效，相當於一部臨證用藥手冊。

卷5～52為各論，收藥1892種，附圖1109種。

幾乎可以將《本草綱目》稱呼為這個時代裡傳統醫學的“百科全書”，學徒只要背會背會《本草綱目》，再在老師的照看下進行幾年實習，基本上可以出師。

其他經驗豐富的大夫也可以多看看《本草綱目》，經驗再豐富的大夫也不可能什麼病症都知道。

《本草綱目》在大明統治區在已經印發，只不過規模還小，瞭解的人並不多，軍情處將幾份《本草綱目》帶回來，已經批次進行印刷，放到文華書店出售，並推薦治下大夫、學徒購買《本草綱目》，不強制，買不買是他們的選擇。

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