冬日的暖陽穿過研究室的窗戶照到瑪修背上，無視室外零下十二度低溫的事實蒸著微微暖意。瑪修左手食指輕敲上午剛剛送來的硬碟外包裝，右手食指蜷曲著用第二節指節撐著顴骨末端，右手拇指則勾住他外擴的下頷。他盯著眼前的雙螢幕，因為一再出現的一組數字微微皺起眉頭。

硬碟裡的資料是他先前委託外包廠商，進行斑馬魚基因定序的成果。因為基因樣本量很少，廠商會先將原本的dna樣本用酶切斷、進行聚合酶鏈式反應（pcr）後才定出序列。因此瑪修收到的資料是數萬，甚至數百萬串不等長、由代表不同礆基對的字母排列而成的字串。他必須將這些零碎的字串比對拼貼，最後現出序列原本的樣貌。

不過這並不是讓他皺眉的原因。定序的技術和重組字串的方法已經非常成熟了。像斑馬魚這種被研究透徹的模式動物，要出大紕漏並不容易。

讓他感到擔憂的事情是斑馬魚粒線體（mitochondrion）的基因序列長度和線蟲的一模一樣。

當然不是指原始序列本身的長度一模一樣。相較於細胞核的基因序列，粒線體的基因序列突變得更快，而且突變速率穩定，時常被用來評估生物的演化程序以及物種間的親緣關係。線蟲和斑馬魚兩種生物天差地遠，牠們粒線體的基因序列自然不同。

問題出在瑪修手邊的理論。他正在研究粒線體基因序列的突變與演化。如果粒線體的內共生假說──我們的真核生物祖先在二十億年前收服了一種原核生物當「小弟」──是正確的，那麼現在所有生物的粒線體礆基排列應該都源自同一條序列。由此，瑪修和他的導師正著手建構一種演演算法，希望能直接從生物當前的粒線體基因序列推算始祖序列的型態，並依照兩者之間的差異將各個生物安在演化樹上的相對位置──實現生物演化樹的大一統。

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