科學的過渡階段往往伴隨著殘酷的否定階段，不管是什麼養的科學種類都逃不過這個環節。

達爾文進化論是19世紀中葉，達爾文創立了科學的生物進化學說，以自然選擇為核心，第一次對整個生物界的發生、發展，作出了唯物的、規律性的解釋，推翻了神創論等唯心主義及形而上學在生物學中的統治地位，使生物學發生了一個革命變革。

在文藝復興以及思想啟蒙之後，現代科學的理性思維已經建立起來。達爾文的時代是十九世紀中後期，正是走出矇昧，提倡科學的前一階段，在思想和理性上，為達爾文創立自然選擇進化論提供了思想依據。而青年時的遠遊，則為他積累了大量的實據，引發了他關於物種進化的思考並最終形成一個完整的體系。不可否認，由於當時科學不太發達，進化論存在理論缺陷，可隨著科學的不斷進步，進化論已經發展成現代綜合進化論了。

其實反對進化論的目的只有一個——引出神。現在這些反對進化論人士已經很隱晦了，不直接說神造，而是智慧設計論，可物種如何出現的問題只有兩種可能，一是自然演化，一是被創造。即使我們地球的生命是被外星人創造的，那麼外星人從哪兒來依然是一個問題，依然存在是進化還是被創造的問題，因此，考慮宇宙中的生命，依然只存在自然演化與被創造兩種可能。

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