按照主流科學解釋，大腦的“本能的五感”包藏在大腦底部，控制著自律神經與波動共振等，和潛意識有關。但一般人大腦的五感，都受到理性的控制與壓抑，因此很難發揮即有的潛在本能。在人清醒的時候，它便分別代行“第八識”、“第七識”的權能而起思維的作用。如果進入睡夢的時候，它就發起“意識”反面的潛在功能，不需“前五識”的現場工作，只憑借“前五識”原本收集的資料，就可生起“獨立”的潛在作用。

因此，唯識學把“無垢識”的這種潛在功能，名為是阿賴耶識所藏的“無漏種子”，是人身真正的“自我”，可以脫離“前五識”而單獨活動。它活動的最顯著的範圍，歸納起來有三種情況：即一作夢時。即二神經病、精神病，乃至因其他的病症而進入昏迷的情況時。即三禪定中某種境界時。所以從唯識學的立場來看，現代心理學所瞭解的“潛意識”，以及“第六感”等，僅是知道了“無垢識”的作用。知道活用大腦，可以具有聽音辨色，或者浮現影象、聞到味道等“共感”現象。譬如將收到的資訊以影象處理，瞬間即可完畢，在最強大腦什麼的舞臺上一試身手。

古代修持者沒有那麼多花花腸子，他們只是憑著經驗主義，透過苦行、“入靜”等心理訓練“排除顯意識”，千百年修持不輟，終於鐵樹開花，得到了類似的突破。雖然那些修持境界聽起來荒唐不經，但我卻是半信半疑，不僅是因為我已經一隻腳踏入了修持門檻。也因為這些佶屈聱牙的東西，居然和現代心理學嚴絲合縫的很。譬如潛意識，不是什麼高大上的東西。卻與人類社會息息相關。人類皮質腦的發育時間較遲，是造成許多負面和不良後果的程式，寫入潛意識的其中一個理由。潛意識不僅是感覺的來源，更足以透過經驗建立價值系統，而這樣的經驗，是對情緒模式造成影響的經驗。當大腦的情緒部分，在早期發育階段時，我們沒有理性、成熟的顯意識，去過濾負面程式，或是選擇成人後所需要的正面程式。

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